במהלך הלילה פעלו כוחות צה"ל, שב"כ ומשטרת ישראל ברחבי יהודה ושומרון ועצרו 25 מבוקשים. בין היתר נעצר בג'נין מכווין הפיגוע בפונדוק, ובקבטיה נעצרו חמישה פעילי דאעש. באל-ח'דר הוחרמו כספי טרור, נשק ותחמושת. לא היו נפגעים לכוחותינו.